Perpustakaan Al-Kautsar MTsN 5 Magelang adalah perpustakaan madrasah yang telah terakreditasi A dengan nomor pokok perpustakaan 3308171I0000001. Tersedia berbagai koleksi perpustakaan mulai dari buku, majalah, koran, ensiklopedia, e-book, CD/VCD, KTI, dan lain sebagainya.
Memiliki berbagai layanan seperti layanan baca di tempat, layanan sirkulasi, layanan referensi, layanan TIK dan internet, layanan bimbingan kepenulisan, layanan anak, layanan mendongeng, layanan pojok baca dan Pagupon baca.
Untuk meningkatkan mutu layanan, prasarana penunjang terus diperbaiki dan ditingkatkan agar para siswa semakin nyaman dalam memanfaatkan perpustakaan.
